功能性胃腸病(FGIDs)病情多呈慢性發展、反復發作，嚴重影響并限制了患者的日常生活。目前尚無根治的方法，治療方法上主要以緩解癥狀、提高生活質量為主。FGIDs 的傳統藥物治療也主要是緩解疼痛不適癥狀和改善排便習慣。
餐后不適綜合征( PDS) 患者常用莫沙必利、西沙必利、多潘立酮等藥促進胃動力。多潘立酮通過作用于胃腸壁促進胃蠕動和胃排空，用于功能性消化不良（FD）有較好的療效，但有相關報道提示多潘立酮可有溢乳反應，亦可導致錐體外系不良反應，用藥時應多加警惕。而莫沙必利較早應用于臨床，在改善癥狀的同時有復發率低的優點。
上腹痛綜合征( EPS)患者多以抑制胃酸分泌為療法，H2 受體拮抗劑或質子泵抑制劑為臨床常用抑酸藥。國內有臨床試驗顯示奧美拉唑聯合多潘立酮治療功能性消化不良（FD）可顯著提高胃動素、胃泌素等激素水平，促進胃腸道運動，總體有效率可達 95.1% 。
至于腸易激綜合征(IBS)，解痙藥可作為 IBS 的短期對癥治療方法，臨床常用解痙藥有奧替溴銨、匹維溴銨、曲美布汀等。奧替溴銨和匹維溴銨通過作用于腸道平滑肌的鈣離子通道，緩解平滑肌收縮，解除平滑肌痙攣，從而緩解腹部不適。曲美布汀具有雙向調節作用，在胃腸運動無力時，直接作用于胃腸道平滑肌，促進胃蠕動和胃排出。
然而近年來越來越多的研究結果顯示，腦-腸軸失調是FGIDs的重要發病機制。腦－腸軸與精神心理因素、胃腸動力障礙、內臟高敏感、腸道菌群失調等方面均有聯系。腦－腸軸是連接中樞神經系統和胃腸道的雙向通路，精神心理因素可以使胃腸道感覺閾值降低，胃腸道敏感性增強，胃腸道不適癥狀傳輸到中樞神經系統又可引起焦慮、抑郁等精神反應。目前臨床上多用低劑量抗抑郁藥物聯合常規藥物治療 FGIDs 以避免常規劑量抗抑郁藥物的不良反應。小劑量三環類抗抑郁藥阿米替林聯合促胃動力藥和抑酸藥可有效緩解FD患者的癥狀，同時改善焦慮抑郁情緒和睡眠質量，可應用于常規藥物治療無效后的難治性 FD 患者。另外，新三環類抗抑郁復合制劑黛力新聯合常規胃腸藥物治療效果更加，還可提高患者的睡眠質量。
除了應用抗抑郁藥物治療FGIDs的焦慮抑郁問題外，目前還主張采取認知行為干預療法，包括認知行為教育、情緒作用認識 ABC 理論、識別負性想法、認知重建等內容，認知行為干預可持續有效地提高 FGIDs患者生活質量。
